FBXなどのモデルデータをインポート後、再インポートしたら元データと紐づけられるのか

結論としてできません。

インポート時に新規Template化されるため、再度インポートされても新しいTemplateとしてデータが作成されます。

ただし、モデルを部分的に更新させることもできなくはないです。
Templateはrenderコンポーネントのため、中身を編集ができます。
更新したFBXをインポートして更新箇所を、元のTemplateに移して更新することは可能です。
Templateの機能についてはこちらの記事をご覧ください。
https://developer.playcanvas.com/en/user-manual/templates/